Plaketa Jana Ámose Komenského, kterou se oceňují kvalitní pedagogové

Roku 1651 přijal pozvání uherského knížete Zikmunda Rákocziho do Sárospataku, kde měl u jeho dvora organizovat reformu školství a pansofickou sedmiletou školu. Poprvé měl tedy možnost ověřit si své názory v praxi. Otevřeny byly ovšem jen 3 třídy, jenž byly nazvány Vestibulum, Janua a Atrium. Pro své žáky vytvořil příručku Pravidla mravů a také zde vznikla učebnice Svět v obrazech a Škola hrou. Z ní Komenský s úspěchem předváděl, nakolik jsou děti schopné podat dramatický divadelní kus, ve školním prostředí. Roku 1651 Jan také oddal falckou princeznu Jindřišku Marii s knížetem Zigmondem, jejich manželství však nemělo dlouhého trvání.

V letech 1654-1656 opět pobýval v Lešně, kde pracoval na Pansofii, vydává Slovník české řeči a Slovník pansofických definic. Roku 1654 Švédsko napadlo Polsko, avšak válka se nějakou dobu Lešnu vyhýbá. 27. dubna 1656 ale začalo deset tisíc partyzánů město obléhat a při následném požáru přišel téměř o všechen majetek i cenné rukopisy jako Česko-latinský slovník, na kterém pracoval prakticky celý život a který považoval za stěžejní dílo. Přišel také o většinu Pansofie a Metafyziky a další díla. Tuto ztrátu nesl velice těžce a nikdy se z ní zcela nevzpamatoval. Na pozvání svého přítele Louise De Geera se v roce 1656 uchýlil do Amsterdamu.

Konec svého života (14 let) strávil v holandském Amsterdamu v bytě na jedné z nejlepších ulic, kde se konečně mohl v klidu a pohodlí věnovat pracem všenápravným. Proto také odmítl profesuru na Amsterdamské akademii. Společníkem mu zde byl například Rembrandt van Rijn a se zhoršujícím se zdravím také čím dál častěji lékař Nicolaes (Mikuláš) Tulp (můžeme ho najít na Rembrandtově Anatomii Dr. Tulpa). Jan se v této době aktivně účastnil mírových jednání anglicko-nizozemské války. V Amsterdamu byla vydána polovina z celého Komenského díla, například soubor 43 spisů pod názvem Opera didactica omnia (Veškeré spisy didaktické), které se setkály s velkým ohlasem, dále jednotlivé části Všenápravy: Všeobecné probuzení, Všeobecné osvícení, Pansofie, Vševýchova a Všemluva a menší díla jako Jedno potřebné, které bývá považováno za závěť lidstvu. Navzdory usilovné práci a pomoci syna Daniela, zůstala mnohá díla více či méně nedokončen.

Zemřel po dlouhodobých zdravotních problémech, ve společnosti své ženy Jany, syna Daniela, přítele a lékaře Mikuláše Tulpa, 15. listopadu 1670. Byl pohřben v kostelíku v Naardenu.

72 jmen české historie Dějiny udatného českého národa Historický magazín Komenského mapy Muzeum v Přerově Nepohodlní Putování Jana Amose Staleté kořeny	Diogenes znovu naživu Labyrint světa a ráj srdce Labyrint světa a ráj srdce - četba Učitel národů Úžasné životy	Cesta světla z roku 1920 Didactica magna z roku 1913 Haggaeus redivivus Historie o těžkých protivenstvích církve české Hlubina bezpečnosti Hlubina bezpečnosti z roku 1864 Jak zahnati lenost ze škol Kšaft umírající matky Jednoty bratrské z roku 1879 Labyrint světa a ráj srdce Labyrint světa a ráj srdce z roku 1862 Labyrinty - brožura Muzea Jana Amose Komenskeho v Přerově Listové do nebe Nedobytedlný hrad Jméno Hospodinovo O sirobě Orbis Pictus z roku 1883 Přemyšlování o dokonalosti křestanské Přemyšlování o dokonalosti křesťanské z roku 1918 Smutný hlas Stručná historie církve slovanské Truchlivý Truchlivý z roku 1622 Via Lucis Zpráva a naučení o kazatelství