Josef Skupa se narodil ve Strakonicích jako syn četníka. Rodina se už po pěti letech přestěhovala do Plzně. Skupa už od dětství projevoval nadání pro loutkové divadlo, a také dobře kreslil. V r. 1915 dokončil studium na Umělecko-průmyslové škole a stal se středoškolským profesorem, avšak záhy musel narukovat do armády, aby se zúčastnil bojů první světové války. Z Uher byl však brzy převelen do Plzně, kde pracoval v oddělení vojenské cenzury. Zde také navázal spolupráci s Městským divadlem (pro nějž například navrhoval kulisy) a později s amatérským Loutkovým divadlem Feriálních osad (založeno 1913), pod vedením lidového loutkáře Karla Nováka.

Amatérské divadlo
Skupa v divadle projevoval značný talent a nadšení a velmi rychle se stal vůdčí osobností. Nejčastěji vystupoval s tradiční loutkou Kašpárka, ale v r. 1919 si od loutkáře Karla Noska nechal vyrobit podivného ušatého panáka, který se měl stát karikaturou přechytřelých měšťáků. Loutka dostala jméno Spejbl a poprvé s ním Skupa vystoupil na podzim
r. 1920. Spejbl nejčastěji vystupoval s Kašpárkem, přičemž se stával obětí jeho šprýmů.

12. června r. 1920 se Skupa oženil s Jiřinou Schwarzovou, dcerou finančního rady. Jejich manželství zůstalo bezdětné, avšak Skupova žena se nadchla pro manželovo divadlo a do konce jeho života jej v jeho činnosti podporovala, pomáhala s přípravou scény a mnoho let byla vodičkou Hurvínka.
Skupa se rozhodl obohatit ansámbl o další loutku a r. 1923 si nechal od synovce Karla Noska Gustava vyrobit postavu Švejka, s nímž úspěšně vystupoval po tři sezóny. Tím se jeho loutka Spejbla na čas ocitla mimo hlavní divadelní dění, protože ke Švejkovi a vlastně ani ke Kašpárkovi se příliš nehodil. V r. 1926 vyrobil Gustav Nosek jako překvapení pro Skupu jakousi zmenšenou a vylepšenou kopii Spejbla. Skupa se nadchl pro novou loutku, která brzy dostala jméno Hurvínek, a začal vytvářet úspěšná představení, v nichž vystupoval Spejbl jako zmatený a přihlouplý otec a Hurvínek jako jeho mazaný synek. Divadlo se stává populární scénou s hrami jak pro děti, tak pro dospělé a Skupa dosahuje značné proslulosti. Se svými novými postavami vystupuje v rozhlase, natáčí gramofonové desky, Spejbl s Hurvínkem se objevují i v knižní podobě.

Zakladatel divadla Karel Novák viděl Skupovy úspěchy, ale osobně se s jeho pojetím loutkového divadla nesmířil, a proto se v r. 1927 rozhodl soubor opustit. Skupa se tak stal novým ředitelem divadla. Novou posilou souboru od v r. 1929 byla Anna Kreuzmannová, která od Skupy převzala mluvení Kašpárka (který se ve Skupově pojetí nesnadno odlišoval od Hurvínka) a v r. 1930 pro ni byla vytvořena role udivené a přihlouplé dívenky Máničky. Kreuzmannová ovšem často divadelní soubor z osobních důvodů opouštěla (třeba i na několik sezón), takže Mánička po mnoho dlouhých let nebyla stálou postavou Skupova ansámblu.

Profesionální divadlo
Skupa viděl, že jeho divadlo je oblíbené, a v r. 1930 se proto rozhodl zcela opustit své učitelské povolání a svým loutkám se věnovat profesionálně. Divadlo tak kromě své stálé scény v Plzni začíná cestovat po celém Československu, několikrát zavítá i do zahraničí – i tam ovšem prozatím hraje téměř výhradně česky, takže síla prezentovaných her spočívá spíše v ukázkách loutkohereckého umění než v dialogu. Zároveň se soubor rozrůstá o další pracovníky, Skupa například při školní soutěži objevil talentovaného Jiřího Trnku. Do divadla nastoupil také Jan Vavřík-Rýz, který si pro spejblovské hry vymyslel postavu upovídané babky, paní Drbálkové. Ta sice zpravidla hraje záporné role, ale podobné postavy starých upovídaných žen se budou ve hrách často objevovat a o mnoho desítek let později na jejich základě vznikne čtvrtá hlavní postava divadla, Mániččina bábinka paní Kateřina. Scénáře her většinou píše Frank Wenig ve spolupráci se Skupou, později se připojují i jiní autoři. Převážná většina her ovšem nemá příliš propracovaný příběh, avšak představení i v těch nejméně zdařilých hrách zachraňuje Skupovo přirozené herectví
a jeho obdivuhodná schopnost improvizace.

V r. 1933 se Skupa stává prezidentem mezinárodní loutkářské organizace UNIMA. Divadlo pak prožívá několik úspěšných sezon, ale s postupujícím fašismem začíná na hry doléhat cenzura. Po mnichovské dohodě napíše Skupa s Wenigem jejich nejpozoruhodnější hru, Kolotoč o třech poschodích, v níž se domovnice Drbálková snaží uzurpovat moc ve Spejblovic domě. Hra je zřejmou alegorií mnichovských událostí a jako taková je jedním z nejstatečnějších počinů české kultury té doby. Hra má premiéru v 10. února 1939 a stihne se odehrát jen 56 repríz, než je (už za Protektorátu) zakázána.

Divadlo ovšem pokračuje ve své činnosti, ale Skupovy hry získávají vážnější ráz. Nutně se tak mění i charakter Spejbla, kdy se z pomateného mouly postupně stává starostlivý otec. 17. ledna r. 1944 je Skupa za poslech zahraničního rozhlasu zatčen a odsouzen k pěti letům vězení ve věznici v Drážďanech. Krátce na to je Divadlo Spejbla a Hurvínka zavřeno; některé loutky se podařilo ukrýt, ale část jich byla zabavena gestapem. Skupa pro pozvednutí nálady často svým spoluvězňům přehrával ze své cely spejblovské hry. V únoru 1945 po náletu na Drážďany bylo vězení pobořeno; Skupovi se podařilo uprchnout a vrátit se do Plzně. Tam se obával nového zatčení, a tak se sám přihlásil úřadům, ale znovu už uvězněn nebyl a dočkal se konce války.

Divadlo v Praze
Po válce se Skupa rozhodl divadlo obnovit, ale tentokrát už v Praze, kde měl širší publikum. Vrací se k osvědčeným komediím se Spejblem a Hurvínkem a divadlo dosahuje vynikajících úspěchů, opět často hostuje i v zahraničí. Vnitřně se však potýká s tvůrčími problémy, prakticky nevytváří žádné kvalitní nové hry, jen opakuje osvědčené prvorepublikové kusy. Tento stav trvá v podstatě až do Skupovy smrti.

 
V roce 1948 byl Skupa jmenován národním umělcem.

V r. 1953 divadlo opouští Jan Vavřík-Rýz a s ním i paní Drbálková. Nastupují však noví herci, z nichž nejvýznamnějším je Miloš Kirschner, který začíná se Skupou alternovat hlavní postavy Spejbla a Hurvínka. Na rozdíl od Skupy se pro zájezdy do zahraničí dokáže naučit text hry v jazyce hostitelské země a teprve s touto inovací se Divadlo Spejbla a Hurvínka stává skutečně světově proslulým. Skupa se potýká se zdravotními problémy a objevuje se polemika o budoucnosti divadla. Zatímco Skupova žena soudí, že po manželově smrti by i divadlo – jeho výtvor - mělo skončit, Kirschner a ostatní mladí herci chtějí v činnosti pokračovat. Spor nakonec rozhodne sám Skupa, který krátce před smrtí oficiálně jmenuje Kirschnera svým nástupcem a manželovo rozhodnutí akceptuje, ač nerada, i Skupova žena.